Grupele care ar trebui vaccinate prioritar împotriva virusului AH1N1 includ persoanele de peste şase luni care au boli cronice, femeile însărcinate şi personalul medical. Această recomandare reprezintă poziţia comună adoptată de experţii celor 27 de ţări membre UE. Comisia Europeană precizează într-un comunicat că problemele cronice de sănătate pot fi, de pildă, bolile respiratorii, cardiovasculare, congenitale sau care reduc imunitatea organismului. Experţii medicali ai UE recomandă să se înceapă vaccinarea bolnavilor cronici care prezintă simptomele cele mai severe.

Recomandarea experţilor UE menţionează de asemenea că odată ce primele grupuri prioritare au fost vaccinate, vaccinarea va continua până când sunt atinse obiectivele naţionale. Experţii reamintesc totuşi că dezvoltarea unei strategii în materie de vaccinare ţine de responsabilitatea fiecărui guvern european în parte.